Chiều ngày 27 tháng 7 năm 2018, ông Trần Việt Tân bị Ủy ban Kiểm tra Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam đề nghị Bộ Chính trị xem xét kỷ luật vì đã thiếu trách nhiệm, buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, thiếu kiểm tra, giám sát, ký một số văn bản vi phạm quy định về bảo vệ bí mật nhà nước, gây hậu quả rất nghiêm trọng, ảnh hưởng rất xấu đến uy tín của ngành Công an và cá nhân đồng chí, gây dư luận xấu trong xã hội.[6]

Ngày 28 tháng 7 năm 2018, Bộ Chính trị quyết định kỷ luật bằng hình thức cách chức Uỷ viên Ban chấp hành Đảng bộ Công an Trung ương nhiệm kỳ 2011 - 2016; giao Ban cán sự đảng Chính phủ chỉ đạo thực hiện quy trình xử lý kỷ luật về hành chính và giáng cấp bậc hàm đối với Thượng tướng Trần Việt Tân.

Ngày 8 tháng 8 năm 2018, theo quyết định số 988/QĐ-TTg, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc thi hành kỷ luật bằng hình thức xóa tư cách Thứ trưởng Bộ Công an giai đoạn 2011-2016 đối với ông Trần Việt Tân, nguyên Thứ trưởng Bộ Công an, do có những vi phạm, khuyết điểm rất nghiêm trọng trong công tác và Bộ Chính trị đã thi hành kỷ luật về Đảng tại Quyết định số 822-QĐNS/TW ngày 31/7/2018.

Cùng ngày, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc đã ký tờ trình Chủ tịch nước giáng cấp bậc hàm từ Thượng tướng xuống Trung tướng đối với ông Trần Việt Tân. Theo Quyết định số 1387/QĐ-CTN, Chủ tịch nước đã ký quyết định giáng cấp bậc hàm từ Thượng tướng xuống Trung tướng với ông.[7]

Ngày 14 tháng 12 năm 2018, ông bị cơ quan cảnh sát điều tra (Bộ Công an) khởi tố bị can, cấm đi khỏi nơi cư trú để điều tra dấu hiệu phạm tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng, theo điều 285 Bộ luật Hình sự năm 1999 do liên quan đến quá trình điều tra mở rộng vụ án Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ do Phan Văn Anh Vũ (tức Vũ nhôm) và đồng phạm thực hiện.liên quan đến quá trình điều tra mở rộng vụ án Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ do Phan Văn Anh Vũ (tức Vũ nhôm) và đồng phạm thực hiện.[8]

Được biết, trước khi ông Trần Việt Tân bị khởi tố, Chủ tịch nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam đã ký Quyết định tước danh hiệu Công an nhân dân đối với ông Tân.